殺菌滅藻劑顧名思義就是用來發揮作用的，廣義上我們知道使用了它之后藻類、菌類的含量會大大減少，但是為什么會減少呢，這恐怕很少有人能說出個一二三來，其實藥物主要作用在細胞的，我們要從這些方面來分析。一般來說其發揮作用的形式有以下三種：
1、阻礙菌體的呼吸作用：絕大多數微生物是靠呼吸作用進行新陳代謝，含有蛋白質硫醇的酶在呼吸作用中起關鍵作用。異噻唑啉酮一旦加入，可以在極短的時間內便可迅速進入微生物細胞，并與蛋白質硫醇發生作用從而破壞酶。因為酶被破壞，細胞的呼吸作用立即受到抑制，于是細胞的生長馬上停止。同時，異噻唑啉酮與蛋白質硫醇反應還可導致細胞內生成極具反應活性的游離基，這些游離基進一步破壞細胞，使其失去自身修復的功能，最終導致微生物死亡。
2、破壞細胞壁：殺菌滅藻劑可以融化細胞壁，通過破壞其內外環境的平衡，而導致細菌死亡。
3、異噻唑啉酮的活性基團可以與核酸上的堿基反應，阻礙核酸的形成，破壞菌體的生長和繁殖，不僅能殺菌滅藻還有黏泥剝離的效果，關鍵還不含氯離子，低毒不產生泡沫對環境友好。
可見，不管從哪個方面來講，不管是生物方面上的對細胞的破壞，還是化學上的小分子之間的各種作用，都是通過破壞它們生存環境和它們自身來產生作用的。我們在使用殺菌滅藻劑的時候，也要根據實際情況的不同選擇不同的類型。